Présentation
La plateforme protéomique CLIPP a été créée en 2008 d'un rapprochement puis d'une fusion des plateformes protéomiques de l'Université de Franche Comté et de l'Université de Bourgogne. Elle est dédiée à l'analyse des protéomes en biologie et en clinique.
La plateforme CLIPP est une plateforme d'analyse et de service pour les laboratoires de recherche académiques et les centres R&D des entreprises des domaines des biotechnologies et de la santé au niveau national et international. Elle propose son expertise dans le domaine de la protéomique faisant appel à des savoir-faire en (bio)chimie, physico-chimie, nano et micro-ingénieries, biostatistiques et bio-informatiques. Ces compétences interdisciplinaires permettent le développement et la validation d'outils analytiques, de procédures et de méthodes qui viennent en complément des approches classiques de protéomique. Cette particularité a permis à la plateforme CLIPP d'obtenir le label IBISA de plateforme en émergence en 2015.
Thématiques
Les développements en cours se font à travers 4 thématiques définies au sein de la plateforme lesquelles sont :
- Axe 1: Nanobiocaractérisation des cibles biologiques (de la molécule à la cellule)
Cet axe porte sur l'étude à l'échelle nanométrique par Microscopie à Force Atomique (AFM) de matériaux biofonctionnalisés et d'échantillons biologiques, en conditions quasi-physiologiques (milieu liquide et thermostaté), pour une caractérisation métrologique et morphomécanique d'objets biologiques cibles et une cartographie moléculaire sur puce à protéines ou à cellules.
- Axe 2 : Ingénierie des biopuces et couplage multiphysique
Cet axe a pour objectif de développer des puces dédiées à chaque situation bioanalytique par l'utilisation, au sein de la centrale technologique MIMENTO de FEMTO-ST, de procédés de micro- et nanostructuration des surfaces et leur fonctionnalisation chimique. Le développement de biopuces compatibles avec diverses instrumentations analytiques de hautes performances telles que l'AFM, la Résonance des Plasmons de Surface (SPR) et la Spectrométrie de Masse (MS) ouvre des perspectives d'investigations originales des échantillons biologiques et complémentaires des approches conventionnelles pour la détection et la mesure des interactions biomoléculaires
- Axe 3 : Détection et caractérisation des cibles protéiques en échantillon biologique
Cet axe a pour objectif la détection et la caractérisation fine des protéines, de la protéine recombinante, aux marqueurs biologiques en milieux complexes. Les compétences de la plateforme permettent de réaliser en routine du profiling protéique pour l'identification (à partir de banques de données commerciales ou faites à façon), des identifications de protéines à partir d'échantillons variés (gels d'électrophorèse, fractions de purification, extraits divers), des caractérisations moléculaires (séquence, modifications post-traductionnelles, clivage, masse entière...) et de la quantification relative (sur la base des données acquises en MALDI-TOF/TOF ou nanoLC/ESI-Trap). Les applications sont variées et touchent les domaines de la santé, de la chimie et de l'agro-alimentaire.
- Axe 4 : Outils biostatistiques pour l'analyse des données de grandes dimensions.
Cet axe a pour objectif de répondre aux besoins accrus d'analyse des données générées dans les différents laboratoires et plateforme. Les technologies actuelles engendrent des données de plus en plus volumineuses avec un nombre de variables descriptives de plus en plus important, auxquelles il est difficile de donner du sens sans méthodologie adaptée. Nous proposons des méthodes d'analyses statistiques adaptées à ces données dites de grande dimension (transcriptome, génome, protéome, etc...), depuis la mise en place du design expérimental jusqu'à la sélection de marqueurs d'intérêt. En complément, une analyse bioinformatique permet de replacer les résultats obtenus dans des réseaux métaboliques afin d'en donner une interprétation plus fine.
CLIPP est également une structure d’innovation et de transfert qui ouvre des perspectives d’activités commerciales au travers du centre de développements technologiques franc-comtois, FEMTO Engineering et d’une création de spin off en 2016, la société Biomaneo (http://biomaneo.fr/). Biomaneo est une spin-off de l’Université de Bourgogne née des travaux de recherche de la plateforme CLIPP en collaboration avec le centre de dépistage du CHRU de Lille. Son but est de concevoir et commercialiser, à l'échelle internationale, des kits d’analyses médicales innovants basés sur l’analyse fine des protéines par spectrométrie de masse pour le dépistage et le diagnostic de pathologies variées.
Applications
CLIPP est une plateforme d’analyse et de service pour les laboratoires de recherche académiques et les centres R&D des entreprises des domaines des biotechnologies et de la santé au niveau national et international.
- Microtechnologies
- Nanobiotechnologies
- Santé
CLIPP a également développé une interaction de site majeure avec des structures et plateformes au sein de l’UBFC comme la plateforme DIMACELL, le CIC-IT du CHU de Besançon, l’EFS BFC et la FHU INCREASE.
Organisation
Comité de direction
- Directeur: Wilfrid Boireau (FEMTO-ST)
Comité scientifique
- Pr Loïc BLUM, directeur de l'Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires à l'Université Lyon 1
- Pr Eric SOLARY, directeur de l'Institut de Recherche Intégrée en Cancérologie à Villejuif
- Dr Charles PINEAU, directeur de la plateforme protéomique Biogenouest de Rennes (Inserm)
- Pr Pascal ROY, directeur du Laboratoire Biostatistique-Santé Université de Lyon, Equipe de l'UMR CNRS 5558
Comité de pilotage
- Céline ELIE-CAILLE (MCF-UBFC)
- Annie FRELET-BARRAND (CR1-CNRS)
Comité de gestion
- Directeurs des composantes de Dijon et de Besançon
- VP recherche des deux universités
- VP valorisation des deux universités
- Directeur du domaine santé de la SATT GE
- Directeur du centre de développements technologiques franc-comtois, FEMTO Engineering
Tutelles
- Université Bourgogne Franche Comté
- CNRS
